Der har været mejeri på Kragerup siden 1400-tallet. Det første større mejeri der blev bygget på godset med større salg for øje, blev opført i 1840’erne. Mejeriet blev få år efter udvidet og moderniseret med henblik på en større produktion af myseost med eksport for øje. Senere kom andre ostetyper til, såsom emmentaler. Myseosten blev tilkendt en bronzemedalje på mejerimessen i Paris i 1865.

I dag består mejeriet af værelser i både stueetagen og på 1. salen.